Крупнейшая поисковая система, лидер русскоязычного сегмента интернета обвиняется российскими налоговыми органами в уклонении от уплаты необходимых налогов. При этом экспертами называется сумма в 20 миллионов рублей. Именно такую, по мнению налоговых инспекторов, сумму компания задолжала государству. В указанную выше сумму включены как налоги, которая компания недоплатила в государственный бюджет на протяжении двух лет (с 2005 по 2007 год), а также неуплаченные проценты и штрафы. При этом представителя Яндекса заявляют, что для решения вопроса компанией уже уплачена сумма в размере 14 миллионов рублей.
Как следует из заявлений владельцев Яндекса, ситуация возникла в результате нестыковок и неоднозначностей в налоговом законодательстве. В результате несмотря на то, что Яндекс старается соблюдать все российские законы, недочёты законодательства приводят к таким ситуациям.
Заметим, что на текущий момент осуществляются проверки деятельности компании за 2008-2009 года.